Receando que a instabilidade vivida em Jerusalém, exacerbada, ainda, por novas perseguições de Jasão, e tirando partido daquela, Antíoco Epifânio invadiu a cidade quando regressava, com o seu exército, de uma campanha no Egipto. Antíoco só não saiu vitorioso desta campanha porque desistiu, pressionado pelos Romanos. É de notar que, nos dias que antecederam a invasão, «apareceram, correndo pelos ares, cavaleiros vestidos com túnicas douradas, (...) ataques e choques de um lado e de outro». Esta aparição, um pouco na linha daquela a Heliodoro, remete-nos claramente para um ambiente escatológico, em que a iminência de um acontecimento importante era percebida por todos - «todos rezavam para que estas aparições fossem bom presságio».
Antíoco, então, invadiu Jerusalém com o seu exército, matando muitos judeus e saqueando a cidade, apesar de anunciar que vinha em bem. Além disso, em resultado desta invasão, Antíoco retirou todas as riquezas do templo, e mandou construir uma cidadela, onde colocou parte do seu exército. Desta forma, demonstrava-se o seu poder sobre a cidade; naturalmente, esta cidadela era também um foco de irradiação da cultura helenística.
Nesta altura, também, iniciou-se uma violenta perseguição a todos os judeus. Na sua base, estava a tentativa de helenizar à força todos os judeus - «decreto que obrigava as cidades helénicas dos arredores a tratar os judeus do mesmo modo, com a ordem de matar os que se recusassem a adoptar os costumes gentios». Isto enquadrava-se na tentativa de forçar a coesão do reino Selêucida por via da aculturação. Assim, o templo foi profanado e dedicado a um deus pagão, onde se ofereciam sacrifícios em honra de Antíoco. Os judeus mais fiéis, no entanto, tentaram resistir, e foram brutalmente massacrados - o texto exemplifica com duas mães precipitadas das muralhas com os respectivos filhos, por os terem circuncidado, e com alguns judeus que tentavam respeitar o sábado em cavernas das redondezas, em resultado do que foram queimados.
O Segundo Livro dos Macabeus, no entanto, dá a explicação teológica para todos estes acontecimentos, justificando-os à luz dos grandes pecados do povo. Já a propósito do templo, vinha referido que «se os judeus não fossem culpados de muitos delitos, ele, a exemplo de Heliodoro, teria sido flagelado». Mais importante, o texto acrescenta uma frase que deve ser considerada precursora - «na verdade, Deus não escolheu o povo por causa do templo, mas o templo por causa do povo». Naturalmente, é inevitável não nos recordarmos da frase de Cristo, «o sábado foi feito para o homem e não o homem para o sábado». Esta primazia do povo em relação às instituições e aos aspectos formais do culto, além de justificar a razão pela qual Deus autorizou que o Seu templo fosse profanado, é também um dos aspectos que mostram a novidade dos livros de Macabeus. De facto, em todo o Antigo Testamento, o templo é valorizado sobremaneira, como podemos recordar das épocas de Salomão e Neemias.
A perseguição aos judeus é, então, explicada na linha dos outros livros históricos: Deus castiga os povo pelos seus pecados («estas coisas aconteceram não para a nossa ruína, mas para a correcção da nossa raça»). De qualquer forma, o texto deixa-nos outra interpretação interessante, segundo a qual «é sinal de grande benevolência não deixar muito tempo impunes os pecadores, mas aplicar-lhes o castigo sem demora». Assim, tenta-se apresentar o castigo como consequência imediata das más acções do povo. Neste caso, naturalmente, estas seriam a imitação do modo de vida grego - com as respectivas implicações a nível religioso e social; é isso que a correcção da raça pretende significar.