Tal como no Livro de Esdras este assume um importante papel como organizador da comunidade judaica, neste livro é Neemias quem, num momento aparentemente posterior, se vai ocupar dessa missão. Para tal, no início Neemias é apresentado como o copeiro-mor do rei Artaxerxes da Pérsia, que ouve de alguns amigos «a grande miséria e situação humilhante» dos habitantes de Jerusalém. Mais se acrescenta que, apesar do povoamento, as muralhas de Jerusalém ainda se encontravam em ruínas.
Como consequência, Neemias - que escreve em primeira pessoa - reza pedindo a Deus que o faça «merecer a estima» do rei Artaxerxes. Nessa oração, Neemias confessa os pecados do povo, mas em simultâneo recorda a Deus as Suas promessas benevolentes, recordando-nos, um pouco, da oração de Esdras 9. Em resultado desta oração, já no capítulo 2, propicia-se que o rei Artaxerxes permita a Neemias partir para Jerusalém, «a fim de a reconstruir».
Chegado a Jeruslém, e depois de descansar os mesmos três dias de Esdras (8), Neemias «contemplou as muralhas de Jerusalém arruinadas e as portas consumidas pelo fogo». Neste ponto, o texto consegue evocar uma imagem bastante poderosa, e que me toca bastante: Neemias, crescido nos esplendores da Babilónia, vê a miséria em que se encontra a cidade dos seus avós, dos quais certamente ouvira contar a glória passada. Por isso mesmo, em seguida, Neemias convocou o povo, que exortou a «reconstruir as muralhas da cidade e pôr termo a tanta ignomínia. Não obstante, o texto também dá logo conta da oposição, irónica, de alguns estrangeiros que entretanto habitavam perto de Jerusalém.
O capítulo 3 dedica bastante espaço ao relato, com minúcia, das obras de reconstrução, fornecendo uma visão geral das muralhas de Jerusalém. Face à oposição dos inimigos, invejosos da coragem demonstrada pelos judeus, Neemias decide que a reconstrução deveria prosseguir sob vigilância, para a eventualidade de um ataque: «a metade que estava comigo [Neemias] trabalhava, e a outra metade estava armada de lanças, escudos, arcos e couraças». De qualqer forma, Neemias manetinha a fé: «O nosso Deus combaterá por nós».
Depois de enfrentar várias ameaças, algumas das quais vindas do próprio povo judeu, Neemias deu por terminada a reconstrução das muralhas de Jerusalém. Então, organiza-se uma grande festa para a sua dedicação, em que dois grandes cortejos, com a participação de levitas e cantores, desfilam ao longo das muralhas até se reunirem no templo de Deus. Em resumo, «ofereceram-se, naquele dia, grandes sacrifícios e houve regozijo, porque Deus dera ao povo motivo de grande alegria». De acordo com o texto, esta alegria era extensível às «mulheres e crianças que tomaram também parte nas festividades», um pormenor importante se se atender ao pouco relevo que lhes era dado naquela sociedade.