Após a morte de Saul, como já foi referido, David só ficou a reinar sobre a tribo de Judá. As restantes aceitaram como rei um filho de Saul, Isboset, que lhes foi proposto pelo chefe do exército. Este ainda conseguiu reinar durante dois anos.
Contudo, todo o seu reinado foi marcado por uma violenta guerra civil contra a casa de David, cuja principal batalha se deu em Gabaon, e que David venceu. Depois desta batalha, e como resultado de várias intrigas cortesãs, Isboset foi traído por duas vezes: primeiro, pelo chefe do seu exército, Abner, que passou a ser aliado de David; depois, pelos seus «chefes de bando». Estes, encontrando Isboset a dormir, mataram-noà traição, decapitando-o. Em seguida, levaram a sua cabeça a David, provavelmente esperando algum benefício. No entanto, tal como acontecera com a morte de Saul, David indgnou-se e mandou matar também esses chefes de bando. Mais uma vez, a preocupação do texto parece ser mostrar que David era justo, não tentando apoderar-se ilegitimamente do trono.
De qualquer forma, com a morte de Isboset, David surgiu como rei natural. Por isso, os «anciãos de Israel» procuraram-no e constituiram-no seu rei, recordando as promessas que Deus lhe fizera. Contudo, o texto do Segundo Livro de Samuel tem um pormenor interessante: diz que David começou a reinar «sobre todo o Israel e Judá». Esta referência mostra que, apesar de David ter unido o reino, este mantinha-se constituido por duas facções: uma formada pela tribo de Judá, bem como pelas de Benjamim e Simeão que depois se fundiram com esta; outra, pelas tribos restantes. Isto foi causa de conflitos posteriores, que conduziram à divisão do reino.